Сверку обычно делают в конце квартала или перед закрытием года. Бухгалтер выгружает свои данные, контрагент присылает свои, и начинается сопоставление — строка за строкой, документ за документом.
Расхождения находятся почти всегда. Вопрос только в том, насколько они старые и можно ли ещё что-то поправить.

Откуда берутся расхождения
Причины у них довольно обыденные, и злого умысла в подавляющем большинстве случаев нет.
Документ выписан, но не дошёл. Классика: акт отправили почтой, он потерялся, у одной стороны он есть, у другой нет.
Разные даты. Отгрузка тридцать первого числа, приёмка первого — документ попадает в разные периоды у разных сторон. Формально обе правы.
Разные суммы из-за округления или НДС. Копейки, которые накапливаются и в годовом объёме дают заметную величину.
Документ проведён дважды. Обычно когда его сначала получили сканом, а потом оригиналом, и оба раза внесли.
Исправленная версия. Первый вариант накладной провели, потом контрагент прислал исправленный, а старый никто не сторнировал.
Почему это находят поздно
Потому что сверкой занимаются редко и большими порциями. Раз в квартал берут три месяца данных и сравнивают.
К этому моменту многое уже нельзя исправить просто: период закрыт, отчётность сдана, а человек, который оформлял документ, не помнит подробностей. Приходится поднимать переписку и звонить.
Вторая причина — сверка почти всегда делается вручную. Два списка, глаза, линейка. На сотне строк это терпимо, на тысяче — работа на день, к концу которой внимание садится, и часть расхождений просто не замечают.
Третья — форматы не совпадают. Контрагент прислал таблицу со своей структурой колонок, у вас своя. Прежде чем сравнивать, надо привести к одному виду, и на этом этапе тоже вносятся ошибки.

Как сделать сверку менее болезненной
Сверяйтесь чаще и меньшими порциями. Раз в месяц по свежим данным — это полчаса и возможность поправить всё в том же периоде. Раз в год — это неделя и разговоры про «мы уже сдали».
Договоритесь о формате обмена. Если вы регулярно работаете с десятком контрагентов, имеет смысл один раз согласовать структуру файла сверки. Это снимает половину ручной работы.
Ведите реестр отправленных документов с датами. Половина расхождений разрешается вопросом «а когда вы его отправили» — если на него есть точный ответ.
Не проводите документ дважды. Простое правило: проводим по оригиналу, скан кладём в папку ожидания. Или наоборот, но одинаково для всех.
Что даёт механическая сверка
Сопоставление двух списков — это ровно та работа, где машина сильнее человека: она не устаёт, не пропускает строки и одинаково внимательна на первой и на тысячной позиции.
Автоматическая сверка выдаёт готовый список: вот документы, которые есть у вас и нет у контрагента; вот те, где расходятся суммы; вот дубли. Как она устроена, показано здесь. Человеку остаётся разобраться с причинами, а не искать сами расхождения.
Экономия времени тут очевидна, но важнее другое: результат воспроизводим. Ручная сверка, сделанная дважды, даёт два немного разных результата — и это нормальное свойство ручной работы, просто о нём редко говорят вслух.
Что делать с найденным
Расхождения стоит разделить на три группы сразу.
Технические — округления, копейки, разные даты в пределах периода. Их фиксируют в акте сверки и закрывают.
Отсутствующие документы — запрашивают копии и проводят. Здесь важна скорость: чем свежее период, тем проще.
Спорные — когда стороны по-разному видят объём или стоимость. Это уже не бухгалтерская задача, а переговорная, и тянуть с ней хуже всего: через год восстановить обстоятельства будет некому.
И последнее. Акт сверки подписывают обе стороны, и это не формальность: подписанный акт — сильный документ, который потом сильно упрощает жизнь, если дело дойдёт до спора.